COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 14.897085 22.184568 22.335698
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 22.256486
2021-04-05 17:00:00 28.501281 22.184568 22.288956
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 22.239492
2021-04-03 17:00:00 20.667230 20.667230 22.186386
2021-04-02 17:00:00 21.919287 21.919287 22.140133
2021-04-01 17:00:00 22.498002 22.498002 22.038915

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 12.833011
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.855407 13.006758
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.161369 13.642472
2021-04-04 17:00:00 26.937269 26.937269 14.266873
2021-04-03 17:00:00 12.661790 12.661790 14.955044
2021-04-02 17:00:00 21.632653 21.632653 15.741474
2021-04-01 17:00:00 19.710145 19.710145 16.091025

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 21.957160
2021-04-06 17:00:00 10.659898 21.404682 22.098327
2021-04-05 17:00:00 9.248555 21.183533 22.154858
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 22.371340
2021-04-03 17:00:00 15.719064 15.719064 22.483272
2021-04-02 17:00:00 23.748212 23.748212 22.546125
2021-04-01 17:00:00 27.675841 27.675841 22.472363

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 9.989737 9.989737 13.930619
2021-04-06 17:00:00 15.449011 15.449011 13.797649
2021-04-05 17:00:00 16.402998 16.402998 13.400876
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 13.448641
2021-04-03 17:00:00 12.434083 12.434083 13.521859
2021-04-02 17:00:00 13.255416 13.255416 13.516068
2021-04-01 17:00:00 14.277899 14.277899 13.562976

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 11.882054 11.882054 15.478987
2021-04-06 17:00:00 19.715684 16.597077 15.272868
2021-04-05 17:00:00 23.790013 23.790013 15.256776
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 15.222063
2021-04-03 17:00:00 15.926767 15.926767 15.149670
2021-04-02 17:00:00 15.213372 15.213372 15.092145
2021-04-01 17:00:00 15.429821 15.429821 15.006717

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 20.542083 56.936519 43.150398
2021-04-06 17:00:00 60.706063 22.497156 42.856896
2021-04-05 17:00:00 83.688341 44.217385 44.257662
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 44.935273
2021-04-03 17:00:00 50.881684 50.881684 45.417474
2021-04-02 17:00:00 47.780679 47.780679 46.065874
2021-04-01 17:00:00 47.170795 47.170795 46.244216

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 15.868021
2021-04-06 17:00:00 12.909836 12.909836 16.203405
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 16.631213
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 16.867294
2021-04-03 17:00:00 14.932276 14.932276 17.129155
2021-04-02 17:00:00 16.239316 16.239316 17.610449
2021-04-01 17:00:00 18.997361 18.997361 18.131933

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.537938
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.837590 7.685568
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.404122 7.786326
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 8.023147
2021-04-03 17:00:00 7.710490 7.710490 8.203878
2021-04-02 17:00:00 10.559348 10.559348 8.377500
2021-04-01 17:00:00 9.579902 9.579902 8.546539

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 11.105304 11.105304 17.965786
2021-04-06 17:00:00 17.159763 41.913215 17.913456
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 17.517529
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 17.471716
2021-04-03 17:00:00 18.088871 18.088871 17.437327
2021-04-02 17:00:00 18.266254 18.266254 17.349086
2021-04-01 17:00:00 21.933889 13.670065 17.297174

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 40.332396
2021-04-06 17:00:00 36.406926 141.601732 40.052076
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 40.680825
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 40.056010
2021-04-03 17:00:00 37.420757 37.420757 39.622880
2021-04-02 17:00:00 34.953437 34.953437 39.269246
2021-04-01 17:00:00 34.865453 34.865453 38.911642

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 13.779809
2021-04-06 17:00:00 20.820189 2.216997 14.099966
2021-04-05 17:00:00 10.520231 10.520231 14.187035
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 14.762511
2021-04-03 17:00:00 19.449110 19.449110 15.473154
2021-04-02 17:00:00 21.563432 21.563432 16.121460
2021-04-01 17:00:00 17.613020 17.613020 16.623413

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.751174 4.636600
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.538427
2021-04-05 17:00:00 6.040268 6.040268 4.537506
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 4.644527
2021-04-03 17:00:00 5.871886 5.871886 4.838772
2021-04-02 17:00:00 9.717314 9.717314 5.026302
2021-04-01 17:00:00 7.003891 7.003891 5.005695

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 7.163886 7.163886 10.012803
2021-04-06 17:00:00 7.113821 24.390244 9.903139
2021-04-05 17:00:00 14.678899 14.678899 9.346939
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 9.113916
2021-04-03 17:00:00 11.310452 11.310452 8.748754
2021-04-02 17:00:00 9.109449 9.109449 8.633909
2021-04-01 17:00:00 7.563025 7.563025 8.456923

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 38.913229
2021-04-06 17:00:00 13.265306 13.265306 40.110255
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 40.830492
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 41.550677
2021-04-03 17:00:00 38.837920 38.837920 42.867752
2021-04-02 17:00:00 42.696629 42.696629 44.257704
2021-04-01 17:00:00 54.054054 54.054054 45.781864

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 19.543380
2021-04-06 17:00:00 26.817753 10.700829 20.136943
2021-04-05 17:00:00 36.265223 10.276074 20.917307
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 21.573111
2021-04-03 17:00:00 23.169935 23.169935 22.318743
2021-04-02 17:00:00 24.390857 24.390857 22.984236
2021-04-01 17:00:00 27.624546 27.624546 23.528094

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 32.849254
2021-04-06 17:00:00 30.429212 9.288228 33.113217
2021-04-05 17:00:00 31.903864 31.903864 34.593579
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 36.554647
2021-04-03 17:00:00 53.846154 53.846154 37.694465
2021-04-02 17:00:00 37.150127 37.150127 38.607956
2021-04-01 17:00:00 46.323817 46.323817 39.383004

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 9.160571 9.160571 10.157709
2021-04-06 17:00:00 8.437706 9.085795 10.107708
2021-04-05 17:00:00 14.246725 14.246725 10.187517
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 10.193659
2021-04-03 17:00:00 8.721085 8.721085 10.293131
2021-04-02 17:00:00 12.327339 12.327339 10.274735
2021-04-01 17:00:00 9.244140 9.244140 10.259422

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 51.543951
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 50.885842
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 45.466976
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 40.289371
2021-04-03 17:00:00 57.843697 57.843697 35.816129
2021-04-02 17:00:00 64.079706 49.973781 31.439042
2021-04-01 17:00:00 60.471698 43.915094 27.777410

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 12.233973 19.656613 16.813762
2021-04-06 17:00:00 21.554437 16.890265 16.494368
2021-04-05 17:00:00 21.946309 21.946309 15.933309
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 15.615209
2021-04-03 17:00:00 14.300971 14.300971 15.276968
2021-04-02 17:00:00 14.523557 14.523557 14.981358
2021-04-01 17:00:00 14.721545 14.721545 14.727133

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 16.336837
2021-04-06 17:00:00 23.102310 9.222661 16.929501
2021-04-05 17:00:00 50.476190 7.290234 16.727660
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 17.301606
2021-04-03 17:00:00 15.251799 15.251799 18.031522
2021-04-02 17:00:00 23.304562 23.304562 18.113194
2021-04-01 17:00:00 22.924901 22.924901 18.449645

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 17.748755
2021-04-06 17:00:00 36.559140 8.353808 17.494716
2021-04-05 17:00:00 84.269663 18.587361 18.266769
2021-04-04 17:00:00 35.915493 35.915493 18.695177
2021-04-03 17:00:00 19.750000 19.750000 18.947552
2021-04-02 17:00:00 24.210526 24.210526 19.106181
2021-04-01 17:00:00 11.158798 11.158798 19.336861

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 30.308250
2021-04-06 17:00:00 24.889543 24.889543 30.044509
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 29.741388
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 30.166149
2021-04-03 17:00:00 26.626917 26.626917 30.411279
2021-04-02 17:00:00 36.879266 36.879266 30.547710
2021-04-01 17:00:00 39.713035 39.713035 30.407389

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.882671 9.882671 12.833011
Basilicata 21.037037 21.037037 21.957160
Calabria 9.989737 9.989737 13.930619
Campania 11.882054 11.882054 15.478987
Emilia-Romagna 20.542083 56.936519 43.150398
Friuli Venezia Giulia 12.773560 12.773560 15.868021
Lazio 5.287874 5.287874 7.537938
Liguria 11.105304 11.105304 17.965786
Lombardia 38.965570 38.965570 40.332396
Marche 8.965517 8.965517 13.779809
Molise 1.342282 0.751174 4.636600
P.A. Bolzano 7.163886 7.163886 10.012803
P.A. Trento 38.432836 38.432836 38.913229
Piemonte 19.047619 19.047619 19.543380
Puglia 20.067157 20.067157 32.849254
Sardegna 9.160571 9.160571 10.157709
Sicilia 51.683066 51.683066 51.543951
Toscana 12.233973 19.656613 16.813762
Umbria 15.602837 15.602837 16.336837
Valle d'Aosta 14.987715 14.987715 17.748755
Veneto 20.494374 20.494374 30.308250

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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